No necesariamente. Básicamente es una cuestión nutricional. Si el aporte en calorías y proteína es suficiente deberías poder practicar actividad cardiovascular al tiempo que hipertrofias. De hecho hay estudios que apuntan a que la actividad cardiovascular moderada como complemento al trabajo de la hipertrofia da un plus de estímulo a esta última. Si hablamos de intensidades altas o muy altas de actividad cardiovascular durante tiempo prolongados aquí sí podría haber catabolismo proteico durante la sesión de entrenamiento, que dependiendo de las condiciones posteriores (descanso y nutrición) podría compensarse o no. Esto puede suceder cuando se trabaja la RESISTENCIA DE LARGA DURACIÓN TIPO IV. (RLD IV). Dejo aquí un enlace donde se habla de la importancia de los diferentes tipos de resistencia en este sentido:
RESISTENCIA DE LARGA DURACIÓN TIPO IV. (RLD IV) RESISTENCIA. Clasificación y tipos. Su relación con el METABOLISMO ENERGÉTICO
No obstante, aunque correr es una actividad en general bastante saludable a nivel cardiovascular no lo es tanto a nivel osteoarticular y las lesiones a nivel principalmente de rodilla (también cadera y tobillos) son frecuentes si se descuida la técnica, se practica con sobrepeso, con mal calzado y/o sobre superficies duras. Una lesión de este tipo definitivamente nos sacaría de una preparación en forma bien enfocada a hipertrofiar.